Expozice evropských lesů v zoologické a botanické zahradě zahrnuje především rozsáhlé výběhy zubrů evropských, medvědů hnědých a vlků evropských. Ty se rozléhají na západní hranici areálu.
Zubr evropský (Bison bonasus) je zde chován především pro posílení populace v lidské péči, neboť z naší přírody díky rozšiřování naší civilizace zmizel již v polovině 18. století. Zubři jsou největšími suchozemskými obratlovci Evropy. Jejich vyhubení ve volné přírodě připravilo starý kontinent nejen o impozantní druh živočicha, ale bylo také jednou z příčin změn v ekosystému, který postupně dostal na pokraj vyhubení další desítky a stovky druhů rostlin a živočichů závislých na otevřené krajině.
Tradičně jsou rozlišovány tři geografické poddruhy, z nichž dva již vyhynuly. Někdy bývají klasifikovány jako samostatné druhy. Prvním je zubr evropský (Bison bonasus bonasus), který jako jediný přežil do současnosti. Dalším je o něco menší horský poddruh zubr kavkazský (Bison bonasus caucasicus), kterého člověk vyhubil po první světové válce, a jemu příbuzný zubr karpatský (Bison bonasus hungarorum), který vyhynul již v historických dobách.
Mezinárodní úsilí o záchranu zubrů odstartovalo v roce 1923. Přes snahu zapojit do registrovaného chovu co nejvíce zvířat přebývajících v zajetí, se podařilo shromáždit pouze dvanáct čistokrevných zvířat schopných rozmnožování. Ta dala vzniknout takzvané nížinně-kavkazské linii. Jedním ze samců byl totiž poslední přežívající býk kavkazského poddruhu. Vzácnější, nížinnou či bělověžskou linii, vytvořilo dokonce pouhých sedm zvířat bez příměsi kavkazské krve.

V době, kdy byli zubři vyhubeni ve volné přírodě, zůstalo naštěstí několik zvířat v zajetí, především v soukromých chovech v Anglii, Německu, Polsku a Švédsku. Ve dnech 25.- 26. srpna 1932 byla v Berlíně založena Mezinárodní společnost pro záchranu zubra. Ta shromáždila informace o posledních 54 jedincích. Mnoho z nich však nebylo schopno chovu. Základem nížinné linie se tak stalo pouhých sedm zvířat, základem nížinně-kavkazské linie pak dvanáct zvířat. V r. 1932 byl vydán první registr chovných zvířat, který se později změnil v Plemennou knihu, která je nyní vedena odborníky v polské Bělověži. Po zvýšení početního stavu zvířat v zajetí (v roce 1953 žilo na světě již 184 zubrů) se započaly snahy o repatriaci. První repatriační projekt začal v polské Bělověži v letech 1952-1966.
Od 50. let 20. století jsou zubři chováni také v zoologických zahradách a soukromých chovech. U nás jako první propaguje návrat zubrů do naší přírody společnost Česká krajina. Zubr je předmětem ochrany mezinárodních dohod a konvencí, jako je CITES nebo Bernská konvence ‒ Úmluva o ochraně evropských planě rostoucích rostlin, volně žijících živočichů a přírodních stanovišť. Druh je vedený v mezinárodní Červené knize IUCN chráněných a ohrožených druhů.
Pokusy o vracení zubrů do přírody se pak objevily o několik staletí později. Český místodržitel arcikníže Ferdinand Tyrolský v zimě 1549 až 1550 v brandýských lesích vypustil zubřího býka, ke kterému později přikoupil samici. Další zubry dal arcikníže dovézt z Ruska do křivoklátských lesů.
Ve 20. století se na záchraně zubrů podílela řada českých zoologických zahrad, první čistokrevný zubr (býk Platan) byl v roce 1948 přivezen do Zoo Praha.
K ochraně zubra přispěla země také v rámci někdejšího Československa, kde ve slovenských Topoľčiankách vznikla v roce 1958 obora, díky níž se Československo stalo po druhé světové válce druhým největším chovatelem zubrů na světě.

V současné době se vyskytují zubři také ve třech oborách (Židlov v Ralsku, Křišťanov u Prachatic na Šumavě a Libeň u Nového Strašecí) a v Přírodní rezervaci Milovice, která vznikla na území někdejšího stejnojmenného vojenského prostoru mezi městy Milovice a Benátky nad Jizerou. Velký dík tak patří společnosti Česká krajina, která na našem území začala s repatriačními projekty. Plzeňská zahrada se také v roce 2019 zapojila do repatriačního programu, a to ,,Re-introduction in Caucasus“. Poskytla dvouletého samce, aby společně s dalšími evropskými odchovy založil chovné stádo v  NP Shahdag v severovýchodním Ázerbajdžánu.

Největší evropské šelmy, medvědi hnědí (Ursus a. arctos) a vlci evropští (Canis lupus) obývají rozsáhlý výběh lesního charakteru, kyselého boru. Ten vzniká především na neúživných mělkých půdách. Flóra i fauna těchto lesů má své specifické zástupce, ale celkově je chudá. Bor zde pak volně přechází v kyselou doubravu, což je typické společenstvo chudých půd v nížinách a pahorkatinách střední Evropy. Dominují zde dub zimní s příměsí břízy, habru, buku, jeřábu, lípy srdčité, či borovice. Původní rozšíření doubrav se kryje s neolitickým osídlením. Hlavní dřeviny, dub a lípa, byly pro Slovany posvátnými stromy.
V sousedství medvědího výběhu vznikla v roce 1998 expozice pro pižmoně severní (Ovibos moschatus). Ač by se mohlo zdát, že zde tato zvířata geograficky nepatří, mají zde po právu své historické místo. Pižmoni totiž obývali naše území ještě na konci doby ledové, cca před 12 tisíci lety. V roce 2019 byl tento neúspěšný chov v plzeňské zoo ukončen. Pižmoně v roce 2020 nahradilo trio jaků domácích (Bos mutus f. grunniens), domestifikovaná forma jaka divokého žijícího v Tibetu a Číně. Jak domácí slouží jako dopravní prostředek, unese i 150 kg. Dále je chován pro mléko, které je velmi tučné a má žlutou barvu, maso, srst i kůži. Sušený trus se používá jako palivo. Dnes žije v asijských horách asi 13 miliónů domácích jaků.