Obě tyto skupiny plazů jsou v plzeňské zoo chovány dlouhodobě a s mnoha úspěchy. První krokodýli se objevili počátkem 60. let a místní kolekce byla velmi bohatá. největším druhem byl roky aligátor severoamerický a nejvzácnějším aligátor čínský.  Počátkem 80. let zde byl odchován první tuzemský zástupce řádu - kajman žakaré, později byli rozmnoženi krokodýli siamští a zejména více než stovka krokodýlů čelnatých (nyní v expozici Akva Tera). Samice je zde evidována od roku 1974. Současným druhem v expozici je vzácný krokodýl filipínský, v 90. letech nechyběli kajmani hladkočelý a klínohlavý. 
U želv bylo rozmnoženo již přes 20 druhů. Nejstarším chovancem v celé zoo je matamata třásnitá (1973), prvním rozmnoženým druhem byla kajmanka dravá. Téměř 600 mláďat měly želvy ostruhaté. V kolekci nechybí želva paprsčitá, pardálí, egyptská, zelenavá a řada dalších