Botanické expozice jsou umístěny v prostoru mezi výběhem zubrů, kulanů a pižmoňů. Představují pestrost biotopů, ve kterých žijí české a moravské, nejen endemické druhy rostlin, ale především ty nejvzácnější druhy rostlin. Proč jsou nejvzácnější? Neboť v přírodě čelí nejrůznějším zátěžím, které následně způsobují jejich vyhynutí. Návštěvník může projít horským rašeliništěm, a dále pozorovat Subalpínské křoviny s vrbou laponskou, Nízké xerofilní křoviny, Květnaté bučiny, Acidofilní teplomilné doubravy, Subkontinentální borové doubravy, Boreokontinentální bory, Perialpidské hadcové bory, Rašelinné a podmáčené smrčiny, Blatkové bory, Vápnitá slatiniště s mařicí pilovitou, Štěrkové náplavy s židovníkem německým, Vápnitá slatiniště, Vrchoviště s klečí, Podhorské a horské smilkové trávníky, Skalní vegetace s kostřavou sivou, Pěchavové trávníky, Úzkolisté suché trávníky, Širokolisté suché trávníky, Otevřené trávníky písčin s paličkovcem šedavým, Kostřavové trávníky písčin, Panonské stepní trávníky na písku, Slaniska, Sekundární podhorská a horská vřesoviště. Každý výsek biotopu je představen na doprovodném informačním panelu u expozice.

Naše zlato
Mezi nejvzácnější druhy, který miluje hadcové skalky patří kuřička hadcová (Minuartia smejkalii). Je endemitem jihovýchodní části Českého masivu. Kromě České republiky tedy jinde neroste. Z hlediska ohrožení je proto řazen do kategorie C1, kriticky ohrožený druh.
Kuřička hadcová přišla do České republiky v době ledové, kdy se šířily horské druhy z Alp do nižších poloh a severské druhy do jižních poloh. Po skončení doby ledové zde kuřička zůstala a díky izolaci od svých příbuzných a specifickým stanovištním podmínkám, se vyvinula v nový druh. V současné době se vyskytuje pouze na dvou lokalitách na světě, obou zahrnutých do soustavy NATURA 2000. První lokalitou je Evropsky významná lokalita Želivka (v části území chráněném jako Národní přírodní památka Hadce u Želivky), druhou lokalitou je Evropsky významná lokalita Hadce u Hrnčíř. V minulosti se ještě kuřička vyskytovala na lokalitě přírodní památka Borecká skalka, kde však již vyhynula.
Vzhledem k tomu, že se počet jedinců kuřičky hadcové v posledních letech značné snížil, zahájil Botanický ústav AVČR v Průhonicích ve spolupráci s Českým svazem ochránců přírody Vlašim a Ministerstvem životního prostředí projekt na záchranu kuřičky hadcové – „LIFE for Minuartia – Život pro kuřičku“. Je realizován s finančním příspěvkem Evropské unie, programem Life a s finančním příspěvkem Ministerstva životního prostředí ČR. Projekt běží od 27. července 2016 do 31. prosince 2020. Plzeňská zoologická a botanická zahrada se k její záchraně také přidala už v roce 2010.

Zemědělské expozice lemující výběh oslů kulanů představují pěstování starobylých druhů obilí, netradiční zeleniny, ale také názorně ukazuje pestrost brukvovitých rostlin. Terária naproti vodních a mokřadních rostlin seznamují návštěvníka s našimi druhy obojživelníků. V zimním období zvířata zimují ve sklepě.