Expozice evropských lesů v zoologické a botanické zahradě zahrnuje především rozsáhlé výběhy zubrů evropských, medvědů hnědých a vlků evropských. Ty se rozléhají na západní hranici areálu.
Zubr evropský (Bison bonasus) je zde chován především pro posílení populace v lidské péči, neboť z naší přírody díky rozšiřování naší civilizace zmizel již v polovině 18. století. Zubři jsou největšími suchozemskými obratlovci Evropy. Jejich vyhubení ve volné přírodě připravilo starý kontinent nejen o impozantní druh živočicha, ale bylo také jednou z příčin změn v ekosystému, který postupně dostal na pokraj vyhubení další desítky a stovky druhů rostlin a živočichů závislých na otevřené krajině.
Tradičně jsou rozlišovány tři geografické poddruhy, z nichž dva již vyhynuly. Někdy bývají klasifikovány jako samostatné druhy. Prvním je zubr evropský (Bison bonasus bonasus), který jako jediný přežil do současnosti. Dalším je o něco menší horský poddruh zubr kavkazský (Bison bonasus caucasicus), kterého člověk vyhubil po první světové válce, a jemu příbuzný zubr karpatský (Bison bonasus hungarorum), který vyhynul již v historických dobách.
Mezinárodní úsilí o záchranu zubrů odstartovalo v roce 1923. Přes snahu zapojit do registrovaného chovu co nejvíce zvířat přebývajících v zajetí, se podařilo shromáždit pouze dvanáct čistokrevných zvířat schopných rozmnožování. Ta dala vzniknout takzvané nížinně-kavkazské linii. Jedním ze samců byl totiž poslední přežívající býk kavkazského poddruhu. Vzácnější, nížinnou či bělověžskou linii, vytvořilo dokonce pouhých sedm zvířat bez příměsi kavkazské krve.

V době, kdy byli zubři vyhubeni ve volné přírodě, zůstalo naštěstí několik zvířat v zajetí, především v soukromých chovech v Anglii, Německu, Polsku a Švédsku. Ve dnech 25.- 26. srpna 1932 byla v Berlíně založena Mezinárodní společnost pro záchranu zubra. Ta shromáždila informace o posledních 54 jedincích. Mnoho z nich však nebylo schopno chovu. Základem nížinné linie se tak stalo pouhých sedm zvířat, základem nížinně-kavkazské linie pak dvanáct zvířat. V r. 1932 byl vydán první registr chovných zvířat, který se později změnil v Plemennou knihu, která je nyní vedena odborníky v polské Bělověži. Po zvýšení početního stavu zvířat v zajetí (v roce 1953 žilo na světě již 184 zubrů) se započaly snahy o repatriaci. První repatriační projekt začal v polské Bělověži v letech 1952-1966.
Od 50. let 20. století jsou zubři chováni také v zoologických zahradách a soukromých chovech. U nás jako první propaguje návrat zubrů do naší přírody společnost Česká krajina. Zubr je předmětem ochrany mezinárodních dohod a konvencí, jako je CITES nebo Bernská konvence ‒ Úmluva o ochraně evropských planě rostoucích rostlin, volně žijících živočichů a přírodních stanovišť. Druh je vedený v mezinárodní Červené knize IUCN chráněných a ohrožených druhů.
Pokusy o vracení zubrů do přírody se pak objevily o několik staletí později. Český místodržitel arcikníže Ferdinand Tyrolský v zimě 1549 až 1550 v brandýských lesích vypustil zubřího býka, ke kterému později přikoupil samici. Další zubry dal arcikníže dovézt z Ruska do křivoklátských lesů.
Ve 20. století se na záchraně zubrů podílela řada českých zoologických zahrad, první čistokrevný zubr (býk Platan) byl v roce 1948 přivezen do Zoo Praha.
K ochraně zubra přispěla země také v rámci někdejšího Československa, kde ve slovenských Topoľčiankách vznikla v roce 1958 obora, díky níž se Československo stalo po druhé světové válce druhým největším chovatelem zubrů na světě.

V současné době se vyskytují zubři také ve třech oborách (Židlov v Ralsku, Křišťanov u Prachatic na Šumavě a Libeň u Nového Strašecí) a v Přírodní rezervaci Milovice, která vznikla na území někdejšího stejnojmenného vojenského prostoru mezi městy Milovice a Benátky nad Jizerou. Velký dík tak patří společnosti Česká krajina, která na našem území začala s repatriačními projekty. Plzeňská zahrada se také v roce 2019 zapojila do repatriačního programu, a to ,,Re-introduction in Caucasus“. Poskytla dvouletého samce, aby společně s dalšími evropskými odchovy založil chovné stádo v  NP Shahdag v severovýchodním Ázerbajdžánu.

Největší evropské šelmy, medvědi hnědí (Ursus a. arctos) a vlci evropští (Canis lupus) obývají rozsáhlý výběh lesního charakteru, kyselého boru. Ten vzniká především na neúživných mělkých půdách. Flóra i fauna těchto lesů má své specifické zástupce, ale celkově je chudá. Bor zde pak volně přechází v kyselou doubravu, což je typické společenstvo chudých půd v nížinách a pahorkatinách střední Evropy. Dominují zde dub zimní s příměsí břízy, habru, buku, jeřábu, lípy srdčité, či borovice. Původní rozšíření doubrav se kryje s neolitickým osídlením. Hlavní dřeviny, dub a lípa, byly pro Slovany posvátnými stromy.