Tato expozice se nachází v prostoru nad Restaurací Kiboko a sukulentním skleníkem. V těsné blízkosti pak sousedí s expozicí Horstva Evropy a velkou marockou voliérou pro ptáky. Expozice představuje, jak už její název napovídá, život přírody kolem Středozemního moře.
Středomoří je jednou z nejbohatších oblastí Světa pokud se jedná o rozmanitost rostlinstva a živočichů. Oblast plná hor, starých řek, pouští, lesů, tisíců ostrovů, je mozaikou přírodních a kulturních typů krajiny, kde příroda a lidstvo spolu žijí po tisíciletí. Zeměpisné, historické a klimatické podmínky vedly k značné evoluční radiaci pokračující až do dnešní doby, kdy rostliny i živočichové se přizpůsobují plejádě životních příležitostí, které jím okolí Středozemního moře skýtá. Rozmanitost je obzvlášť patrná u rostlinstva, 25 000 druhů je zde původních a z nich více než polovina neroste nikde jinde na světě. To vedlo k vyhlášení Mediteránu za jedno z prvních 25 ohnisek biodiverzity Světa již v roce 2000.
Původní rostlinný kryt byl nejméně 8000 let trvající činností člověka téměř úplně změněn. Lesy byly až na nepatrné zbytky vymýceny a vypáleny a téměř všechny porosty s výjimkou nepřístupných skal a roklí, jsou jen druhotně vzniklá náhradní rostlinná společenstva. Původní stálezelené lesy byly tvořené hlavně neopadavými duby (Quercus coccifera, Qu. ilex, Qu. suber), vavřínem (Laurus nobilis) a některými druhy borovic (Pinus pinea, P. halepensis, P. pinaster). Na jeho okrajích a v podrostu rostly jalovce (Juniperus phoenicea, J. oxycedrus), cypřiš (Cupressus sempervirens), myrta obecná (Myrtus communis), řečíky (Pistacia), planiky (Arbutus), cisty (Cistus), řešetláky (Rhamnus), kaliny (Viburnum tinus) a jiné stálezelené keře. Ve vyšších polohách hor rostou listnaté opadavé nebo poloopadavé lesy s duby (Quercus pubescens, Qu. cerris, Qu. pyrenaica, Qu. faginea aj.), habrovcem (Ostrya carpinifolia), břestovcem (Celtis australis), jasanem zimnářem (Fraxinus ornus), javory (Acer monspessulanum, A. opalus) a bohatým podrostem keřů a bylin. Kolem potoků dominují platany (Platanus orientalis), oleandry (Nerium oleander) a tamaryšky (Tamarix).

V mediteránním klimatu, na rozdíl od středovropského, odlesněná krajina zarůstá lesem jen velmi pomalu a někde, zejména v krasových oblastech, to není vůbec možné. Většinou vyrůstají jen nízké křovinaté porosty zvané makchie, představující pouze náhradní, sekundární typ vegetace. Velmi negativně působila i několik tisíc let trvající pastva ovcí a koz, které stálým okusem znemožňovaly obnovu dřevin i mnoha bylin. Na mělkých půdách v oblastech s nižšími srážkami se vyvinul nízký, asi do 50 cm vysoký porost zvaný garrigue. V blízkosti Atlantského océanu, kde je vyšší vzdušná vlhkost, převládají porosty zvané podle tymiánu obecného tomillar. V nich roste celá řada voňavých polokeřů a bylin z rodů Lavandula, Satureja, Rosmarinus, Salvia, Origanum a Phlomis.
Ve východním Mediteránu, zejména v Řecku, na Krétě a na Kypru, vznikla na vyprahlých, hlavně vápencových a dolomitových skalách frygana, v Palestině nazývaná batha, tvořená jen izolovaně ve štěrbinách skal rostoucími polokeři asi do 0,5 m výšky. Na pobřeží Chorvatska a Bulharska vznikly nadměrnou pastvou silně trnité, neprostupné porosty keřů zvané šibljak. Dominantním druhem je zde trnovec Kristův (Paliurus spina-christi), dále hrušeň (Pyrus amygdaliformis), ruj (Cotinus coggyria) a trnitá liána, přestup (Smilax aspera). Tam, kde byly odstraněny i keře a vytrvalé byliny, vzniklo poslední stadium vývoje – pseudostep, případně při jejím obdělávání jako kulturní step.

Dlouhý nepřerušený vývoj rostlinstva ve Středomoří i v dobách ledových a velké množství ostrovů, na nichž se rostliny vyvíjely izolovaně, daly vzniknout velkému množství endemitů (druhů vyskytujících se na určitém místě a nikde jinde). Z 22 500 druhů rostlin rostoucích v Mediteránu je 52 % endemických. Pokud jde o stromy, endemismus je ještě vyšší, z 290 původních druhů je 201 endemity. Díky tomuto vysokému stupni endemismu řadíme Středozemí mezi ohniska biodiverzity.
Středobodem expozice je skleník věnovaný středomořským suchozemským želvám zelenavým (Testudo hermanni boettgeri), vroubeným (Testudo marginata) a žlutohnědým (Testudo graeca soussensis). Mnoho let byly chovány v zázemí pro nedostatek expozičních prostor. Nový domov především dostaly rostliny, které konečně mohou růst, kvést a plodit v přirozených podmínkách. V jezírku žijí, u nás kriticky ohrožené, želvy bahenní (Emys orbicularis orbicularis) a velmi vzácné ryby plotice benátské (Rutilus aula) a slunky peloponéské (Tropidophoxinellus hellenicus) a maratonské (Pelasgus marathonicus). Plazy zde reprezentují blavoři žlutí (Pseudopus apodus), trnorepi skalní (Uromastyx acanthinurus), ještěrky tangerské (Timon tangitanus) či zmije Schweizerovy (Macrovipera schweizeri), endemité řeckého souostroví Kyklády.

Botanická expozice je opravdu bohatá na pestrost druhů. V okolí skleníku je možné se seznámit s nejčastějšími druhy bylin, které rostou kolem Středozemního moře. Mnohé z nich jistě známe z našich kuchyní. Levandulové záhony pak připomínají voňavé lány známé z francouzské Provence. V pozdním létě je možné ochutnat i bohatě plodící vinnou révu. Kaplička se zvoničkou v zimě slouží jako zimoviště pro želvy, v létě pak jako výstavní síň.